Le Monde - 18.03.2020

(Nancy Kaufman) #1

10 |coronavirus MERCREDI 18 MARS 2020


0123


Les publications


scientifiques


se multiplient


Le SARS­CoV­2 a suscité des recherches tous
azimuts, avec un contrôle parfois défaillant

A


u fur et à mesure de l’ex­
pansion de la pandémie
de Covid­19, le nombre
de publications scientifiques aug­
mente lui aussi. Au 13 mars, l’une
des bases de données les plus
complètes, Scopus, propriété
d’un des plus grands éditeurs, El­
sevier, recensait 418 articles, let­
tres, présentations de conféren­
ces, publiés en 2020 sur le sujet
« coronavirus ». C’est déjà plus de
la moitié que le total de 2019. Et
plus de cinq par jour.
Cependant, cette activité n’at­
teint pas encore les deux pics pré­
cédents en 2003 et 2014­2015, liés
respectivement au syndrome res­
piratoire aigu sévère (SRAS) et au
syndrome respiratoire du Moyen­
Orient (MERS). Sur le terme « co­
ronavirus », on comptait alors 793
articles en 2003 et 972 en 2015.
La production actuelle ne reflète
cependant que partiellement l’ac­
tivité de recherches. Une autre
base de données, Dimensions, de
l’entreprise Digital Science, re­
cense, à la même date, en scrutant
davantage de journaux scientifi­
ques, plus de 2 200 articles « coro­
navirus », dont près de 1 500 spé­
cifiquement sur les termes
« 2019­nCoV » ou « SARS­CoV­2 »,
sa dénomination désormais offi­
cielle. Soit 20 par jour.
La différence s’explique aussi
par le recours, inexistant en 2004
et 2015, à de nouveaux outils de
diffusion des connaissances, le
preprint, ou prépublication, uti­
lisé de longue date par les physi­
ciens, les mathématiciens ou les
informaticiens. Ces preprints
sont des textes de recherche mis
en ligne, en même temps, le plus
souvent, qu’ils sont soumis à des
journaux pour expertise par les
pairs, un processus qui prend plu­
sieurs mois, mais qui est le pilier
de la validation de résultats.
Le site de préprint le plus connu,
arXiv, existe depuis 1991 pour la
physique ou les mathématiques.
bioRxiv, pour les sciences de la
vie, crée en 2013 et géré par un la­
boratoire public américain (Cold
Spring Harbor Laboratory), n’a
décollé que depuis 2016. Suivi par
medRxiv, qui est plus centré sur la
recherche médicale. Et, avec le co­
ronavirus, ces deux sites sont très
sollicités. Dimensions recense
ainsi, au 13 mars, près de 300 pre­
prints déposés sur ces sites de­
puis 2020 sur le nouveau corona­
virus ; près de 30 par semaine.
« Il s’agit de la première épidémie
de maladie infectieuse grave pour
laquelle les scientifiques et les mé­
decins biomédicaux ont pu se
tourner vers des serveurs de pre­
prints efficaces, souligne John In­
glis, à l’origine des deux sites. La
pandémie est une tragédie, et les
communautés de chercheurs et de
cliniciens se sont rapidement mo­
bilisées pour tenter de comprendre
la biologie du virus, sa dynamique
de transmission, ses symptômes...
Il est urgent que de nouvelles infor­
mations sur tous ces sujets soient
partagées très largement entre les
scientifiques et les médecins. »
Mais, si ce procédé accélère la
diffusion auprès des collègues, il
ne garantit pas la qualité de ce
qui est proposé. Depuis le 1er fé­

vrier, le site de bioRxiv prévient :
« Ce sont des résultats préliminai­
res qui n’ont pas encore été revus
par les pairs. Ils ne doivent pas
être considérés comme conclusifs,
ne doivent pas guider une prati­
que clinique, ou être diffusés dans
les médias comme des informa­
tions solides. »
L’avertissement faisait suite à
un dérapage de la procédure. Le
31 janvier, une équipe indienne
mettait en ligne sur bioRxiv son
analyse de la séquence génétique
du nouveau virus et repérait une
similitude non naturelle avec
celle du VIH, faisant soupçonner
une manipulation artificielle
ayant conduit au 2019­nCoV. Se­
lon Altmetric, entreprise pro­
priété de Digital Science, dès le
lendemain, 11 600 Tweet conte­
naient l’identifiant unique de cet
article, pour atteindre, en une di­
zaine de jours, un total de plus de
22 400 micromessages. Mais plus
d’une centaine de commentaires
dans bioRxiv ont rapidement
conduit à sa suppression du site,
les auteurs affirmant qu’ils al­
laient reprendre leurs analyses.
Pour tenter d’y voir plus clair
dans cette profusion, un nouveau
site a été lancé, avec le soutien de
la fondation Wellcome Trust, out­
breaksci.prereview.org, qui per­
met à n’importe quel chercheur
de déposer sa relecture avisée sur
les preprints piochés dans
bioRxiv ou medRxiv, comme il le
ferait à la demande d’une revue.
Le site Rxivist se contente, lui, de
repérer les preprints les plus télé­
chargés, tandis que le site con­
nect.medrxiv.org alerte sur les
derniers dépôts.

Open access
Mais la publication traditionnelle
aussi a ses travers. Le 30 janvier, le
New England Journal of Medicine
(NEJM) publiait une courte lettre
décrivant une patiente sans
symptômes, mais qui en aurait
contaminé d’autres. Cependant,
l’agence de santé allemande con­
testa rapidement cette informa­
tion mal documentée ; la patiente
étant en fait déjà bien malade.
L’épisode témoigne d’une in­
contestable accélération du
rythme de publication. Les pre­
miers articles décrivant l’épidé­
mie chinoise ont été publiés par
The Lancet, le NEJM ou Nature, un
mois seulement après les pre­
miers cas identifiés, alors que le
processus prend d’habitude plu­
sieurs mois.
Quantité, vitesse... le Covid­
induit d’autres changements
dans les pratiques. Longtemps, le
modèle de l’édition scientifique a
reposé sur un modèle payant, où
les lecteurs devaient s’abonner
pour accéder aux articles. Mais,
depuis une vingtaine d’années,
un mouvement visant à libérer
cette connaissance s’impose :
l’open access. Il vient de connaître
une nouvelle accélération avec la
décision, à partir de mi­février, de
plusieurs éditeurs, payants, de
rendre gratuits leurs articles sur
le nouveau coronavirus.
Cependant, Vincent Larivière et
ses collègues de l’université de
Montréal, le 13 février, dans la re­
vue de l’Association de promo­
tion et défense de la recherche en
français, estimaient « insuffisan­
tes » ces avancées, car la littéra­
ture passée sur le coronavirus et
des articles cités en référence par
les publications récentes restent
payants. « Il est essentiel que tous
les acteurs reconnaissent ce que
cette crise de santé publique a
rendu évident : l’accès libre immé­
diat aux résultats de la recherche
est nécessaire à l’avancement effi­
cace et approprié des connaissan­
ces », ajoutent­ils.
david larousserie

Des milliers de lits de réanimation nécessaires à Paris


Les premières estimations hospitalières étaient très loin du compte


C


e samedi 14 mars restera
marqué d’une pierre blan­
che dans les annales de
l’Assistance­publique Hôpitaux de
Paris (AP­HP). Ce jour­là, une dou­
zaine d’épidémiologistes et de
médecins se sont réunis au siège
pour présenter leurs scénarios
pour l’épidémie de Covid­19. Pour
eux, pas de doute : les premières
estimations d’hospitalisations sur
lesquelles les équipes tablaient
sont très loin du compte. Phéno­
mène rare, tous les experts con­
vergent vers une conclusion : en
Ile­de­France, ce n’est pas des cen­
taines de lits de réanimation qu’il
faudrait au pic de l’épidémie, mais
potentiellement des milliers.
Moins de quarante­huit heures
après l’annonce de la fermeture de
toutes les écoles en France et quel­
ques heures seulement avant
l’avis de fermeture de tous les
commerces, cafés et restaurant −

leurs différents scénarios ont con­
duit l’AP­HP à revoir sa stratégie.
Selon les différents modèles qui
lui ont été présentés, si les pre­
mières mesures d’« atténuation »
de l’épidémie n’étaient pas effica­
ces, et en l’absence de disposi­
tions plus contraignantes d’« en­
diguement », il faudrait entre
3 000 et 4 000 lits de réanimation
simultanément pour faire face à
l’afflux de patients. Ces chiffres,
basés notamment sur les modè­
les de l’épidémiologiste britanni­
que Neil Ferguson, sont très loin
du scénario envisagé jusque­là : la
veille de cette réunion, dans un
entretien au Monde, Martin
Hirsch estimait qu’il faudrait con­
sacrer, aux patients Covid­19,
400 lits de réanimation sur les
1 500 que compte le groupe. « Ce
scénario est évitable », indique au
Monde l’AP­HP, en soulignant que
le confinement général de la po­

pulation à partir de mardi midi
aura un impact fort sur la cinéti­
que de l’épidémie, et donc le nom­
bre d’hospitalisations.

Opérations déprogrammées
Selon nos informations, ces pro­
jections, présentées à l’Elysée dès
le jeudi 12 mars, n’ont pas été par­
tagées d’emblée avec l’AP­HP.
Passé le « choc », selon les mots
d’un des participants à la réunion,
des mesures ont immédiatement
été prises pour préparer les hôpi­
taux à affronter une vague bien
plus importante que prévue.
Lundi 16 mars, près de 60 % des in­
terventions chirurgicales non ur­
gentes avaient été déprogram­
mées, contre 44 % le vendredi.
Toutes les capacités chirurgicales
d’Ile­de­France publiques et pri­
vées, y compris les salles de réveil,
devraient aussi être transformées
en salle de réanimation afin d’ac­

cueillir les patients Covid­19, dont
certains devront rester hospitali­
sés plusieurs semaines.
A la Pitié­Salpêtrière, l’un des
centres de référence pour le Co­
vid­19, l’ouverture de lits de réani­
mation s’est accéléré dans les 48
dernières heures. Aux 46 lits déjà
disponibles vont s’ajouter 20 lits
supplémentaires d’ici mercredi.
« On tient le rythme », estime le Dr
Alexandre Demoule, réanimateur
à la Pitié­Salpêtrière. Il s’attend à
une accélération de l’épidémie
d’ici deux à trois semaines, avec
un pic dans 4 à 6 semaines. Les
projections du modèle « ne sont
qu’une possibilité », insiste­t­il
mais « on ne peut pas l’écarter ».
« Nous devons tout donner pour
être prêts à accueillir les patients in­
fectés, tout en continuant à ac­
cueillir dans de bonnes conditions
les autres patients », indique­t­il.
chloé hecketsweiler

Les scénarios alarmistes


de modélisateurs britanniques


Une équipe de chercheurs anglais a rendu publiques des projections


qui suggèrent que l’endiguement du virus nécessitera des mois


F


ace à un virus tel que le
SARS­CoV­2, contre lequel
n’existent encore ni vac­
cin ni traitement à l’effi­
cacité cliniquement éprouvée,
quel serait l’impact de mesures
non pharmaceutiques pour ré­
duire la mortalité et la pression
sur le système de santé? C’est la
question à laquelle s’est attachée
l’équipe de Neil Ferguson (Impe­
rial College, Londres), spécialisée
dans les modélisations des épidé­
mies, et qui a fait porter ses analy­
ses sur les cas du Royaume­Uni et
des Etats­Unis. La réponse est gla­
çante : quelles que soient les stra­
tégies mises en œuvre, le nou­
veau coronavirus aura des réper­
cussions « profondes » et de lon­
gue durée sur ces pays et les
nations comparables, et les mesu­
res ne garantiront pas contre un
éventuel rebond de l’épidémie.
Ces résultats, particulièrement
frappants, présentés jeudi à l’exé­
cutif français par le conseil scien­
tifique Covid­19, ont incité le gou­
vernement à envisager des mesu­
res fortes, les remontées des ser­
vices hospitaliers déjà en
surchauffe achevant de le con­
vaincre de l’urgence à agir de fa­
çon décisive.

Protection immunitaire
Neil Ferguson a voulu comparer
deux options s’offrant aux déci­
deurs politiques étant estimé
d’emblée que l’alternative du
« laisser­faire » se traduirait par
510 000 et 2,2 millions de morts
respectivement au Royaume­Uni
et aux Etats­Unis, avec un pic de
mortalité fin mai début juin. Ces
deux options sont qualifiées de
« mitigation » (atténuation) et de
« suppression » (endiguement),
en jouant sur cinq types d’action :
isolement des cas confirmés à do­
micile ; mise en quarantaine de
leur famille ; distanciation sociale
des personnes de plus de 70 ans,
distanciation élargie à l’ensemble
de la population ; fermeture des
écoles et des universités.
La première option, l’atténua­
tion, n’a pas pour objectif premier
d’interrompre complètement la
circulation du virus mais de ré­
duire l’impact sanitaire de l’épidé­
mie. Pour y parvenir, différentes
possibilités sont étudiées,
comme la mise en quarantaine
des cas identifiés et de leur fa­
mille, la fermeture des écoles et
des mesures plus ou moins éten­
dues de « distanciation sociale ».

Dans ce scénario, l’immunité de
la population se renforce au fil de
l’épidémie, conduisant, in fine, à
un déclin du nombre de cas. C’est
peu ou prou celle envisagée par le
gouvernement de Boris Johnson
jusqu’à ces dernières heures, mi­
sant sur une acquisition d’une
protection immunitaire collec­
tive lorsqu’un pourcentage suffi­
sant de la population a été atteint.
La seconde option, l’endigue­
ment, vise à faire en sorte qu’un
individu donné transmette le vi­
rus à moins d’une personne, con­
duisant à l’extinction de l’épidé­
mie. Cette stratégie appliquée
par la Chine de façon autoritaire
suppose des mesures plus radi­
cales allant jusqu’au confine­
ment de la population entière.
Mais après cinq mois d’un tel ré­
gime, l’épidémie risquerait de
flamber en cas d’interruption de
ces mesures.
L’équipe de l’Imperial College a
donc imaginé une stratégie où les
mesures de « suppression » se­
raient périodiquement allégées,
puis réinstaurées dès que les cas
se remettraient à menacer les ca­
pacités de prise en charge. A
l’échelle de la Grande­Bretagne,
elles devraient être en vigueur les
deux tiers du temps jusqu’à ce
qu’un vaccin ne soit disponible
(ce qui n’est pas envisagé avant
douze à dix­huit mois) et pose­
raient en pratique de grandes dif­
ficultés d’adaptation des structu­
res collectives.
« Notre principale conclusion est
que l’atténuation n’empêcherait
pas une augmentation des cas qui
excéderait jusqu’à huit fois les ca­
pacités en lits d’hôpitaux et de réa­
nimation, dans le scénario le plus
optimiste », écrivent les cher­
cheurs. Et même si l’ensemble des
patients pouvaient être pris en
charge, il y aurait encore 250 000
morts au Royaume­Uni, et jus­
qu’à 1,2 million aux Etats­Unis.
Pour Neil Ferguson et ses collè­
gues, la conclusion est que l’endi­

guement de l’épidémie « est la
seule stratégie viable actuellement.
Les effets sociaux et économiques
des mesures nécessaires pour y
parvenir seront profonds ». Ils no­
tent que plusieurs pays les ont
d’ores et déjà adoptées, mais que
même ceux qui n’en sont encore
qu’à un stade précoce de l’épidé­
mie sur leur sol « tel que le Royau­
me­Uni, devront le faire de façon
imminente ». La France vient de le
précéder sur ce chemin.
Ces conclusions alarmantes
font écho à des travaux du labora­
toire Inserm­Sorbonne Univer­
sité Epix­Lab dirigé par Vittoria
Colizza (Inserm, Sorbonne­Uni­
versité), montrant l’efficacité et
les limites des fermetures d’écoles
et du développement du télétra­
vail. « Les fourchettes données par
l’équipe de Ferguson sur le nombre
de cas et de décès sont tout à fait en
ligne avec nos modèles. Elle a pris
en compte deux stratégies qui tien­
nent compte des politiques adop­
tées au Royaume­Uni et aux Etats­
Unis, sans inclure le télétravail
dans les mesures à combiner,
comme nous l’avons fait », souli­
gne la chercheuse. En France, les
équipes de modélisation com­
mencent à intégrer les données
en provenance d’Italie, qui per­
mettront de se rapprocher davan­
tage de la situation française.
« Dans quinze jours, nous ver­
rons si les mesures qui entrent en
vigueur en France marchent pour
endiguer l’épidémie, mais le pic est
encore éloigné. Elles devront rester
en place suffisamment longtemps
pour qu’une immunité de groupe
soit présente dans la population
afin d’éviter un rebond des infec­
tions. Nous travaillons à estimer
quand il serait optimal de pouvoir
les lever mais en attendant, il faut
qu’elles soient strictement appli­
quées », insiste Vittoria Colizza.

Eviter une vague de décès
Dans son avis du 12 mars, le con­
seil scientifique Covid­19 notait
que par le passé, des modélisa­
tions avaient « souvent fait des
prédictions exagérées ». Mais la
transposition des résultats de
l’équipe de Ferguson à la France
semblait limpide : « Sans même se
placer dans des scénarios extrê­
mes, ni dans les scénarios “les pires
probables” au sens des modèles
mathématiques, des hypothèses
intermédiaires faisaient déjà ap­
paraître avec un degré de plausibi­
lité élevé, un écart important entre

le nombre de cas sévères nécessi­
tant une réanimation avec les ca­
pacités hospitalières françaises,
même augmentées par des mesu­
res appropriées. »
Pour éviter une vague de décès,
les experts recommandaient des
mesures « plus contraignantes »,
rappelant que « pour un virus
comme SARS­CoV­2, il faut réduire
d’au moins 60 % les contacts ». Les
modèles de Neil Ferguson sem­
blent avoir eu l’effet d’un électro­
choc : le jour même de leur pré­
sentation à l’Elysée, le président
de la République annonçait la fer­
meture des écoles, et dès le sa­
medi celle des commerces, cafés
et restaurants.
Dans leur dernier avis du
16 mars, les scientifiques s’alar­
maient cependant de « la non­per­
ception d’une partie de la popula­
tion de la gravité de la situation »
soulignant que les comporte­
ments ne s’étaient « pas suffisam­
ment modifiés ». Quelques heures
plus tard, le confinement général
de la France était prononcé.
paul benkimoun,
chloé hecketsweiler
et hervé morin

« La pandémie est
une tragédie et
les chercheurs se
sont rapidement
mobilisés
pour tenter
de comprendre »
JOHN INGLIS
créateur des sites
arXiv et bioRxiv

LES  CHIFFRES


510 
morts au Royaume-Uni selon
le scénario du « laisser-faire »
Ce nombre élevé de morts
prévisibles au Royaume-Uni
dans les trois prochains mois
correspond au scénario dans
lequel aucune mesure d’endi-
guement n’était engagée, selon
une étude de l’Imperial College
de Londres. Un total qui monte
à 1,2 million aux Etats-Unis,
l’autre pays étudié par l’équipe
de Neil Ferguson.

5  MOIS
de mesures d’endiguement
Etendues sur une période de
cinq mois, de mars à septembre,
selon la même étude de l’Impe-
rial College, certaines mesures
fortes d’endiguement
permettraient de ne pas
submerger les capacités des lits
en réanimation. Mais la levée
des mesures s’accompagnerait
ensuite d’une remontée rapide
des cas, alertent les chercheurs.

La conclusion
est que
l’endiguement
de l’épidémie
« est la seule
stratégie viable
actuellement »
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