10 |coronavirus MERCREDI 18 MARS 2020
0123
Les publications
scientifiques
se multiplient
Le SARSCoV2 a suscité des recherches tous
azimuts, avec un contrôle parfois défaillant
A
u fur et à mesure de l’ex
pansion de la pandémie
de Covid19, le nombre
de publications scientifiques aug
mente lui aussi. Au 13 mars, l’une
des bases de données les plus
complètes, Scopus, propriété
d’un des plus grands éditeurs, El
sevier, recensait 418 articles, let
tres, présentations de conféren
ces, publiés en 2020 sur le sujet
« coronavirus ». C’est déjà plus de
la moitié que le total de 2019. Et
plus de cinq par jour.
Cependant, cette activité n’at
teint pas encore les deux pics pré
cédents en 2003 et 20142015, liés
respectivement au syndrome res
piratoire aigu sévère (SRAS) et au
syndrome respiratoire du Moyen
Orient (MERS). Sur le terme « co
ronavirus », on comptait alors 793
articles en 2003 et 972 en 2015.
La production actuelle ne reflète
cependant que partiellement l’ac
tivité de recherches. Une autre
base de données, Dimensions, de
l’entreprise Digital Science, re
cense, à la même date, en scrutant
davantage de journaux scientifi
ques, plus de 2 200 articles « coro
navirus », dont près de 1 500 spé
cifiquement sur les termes
« 2019nCoV » ou « SARSCoV2 »,
sa dénomination désormais offi
cielle. Soit 20 par jour.
La différence s’explique aussi
par le recours, inexistant en 2004
et 2015, à de nouveaux outils de
diffusion des connaissances, le
preprint, ou prépublication, uti
lisé de longue date par les physi
ciens, les mathématiciens ou les
informaticiens. Ces preprints
sont des textes de recherche mis
en ligne, en même temps, le plus
souvent, qu’ils sont soumis à des
journaux pour expertise par les
pairs, un processus qui prend plu
sieurs mois, mais qui est le pilier
de la validation de résultats.
Le site de préprint le plus connu,
arXiv, existe depuis 1991 pour la
physique ou les mathématiques.
bioRxiv, pour les sciences de la
vie, crée en 2013 et géré par un la
boratoire public américain (Cold
Spring Harbor Laboratory), n’a
décollé que depuis 2016. Suivi par
medRxiv, qui est plus centré sur la
recherche médicale. Et, avec le co
ronavirus, ces deux sites sont très
sollicités. Dimensions recense
ainsi, au 13 mars, près de 300 pre
prints déposés sur ces sites de
puis 2020 sur le nouveau corona
virus ; près de 30 par semaine.
« Il s’agit de la première épidémie
de maladie infectieuse grave pour
laquelle les scientifiques et les mé
decins biomédicaux ont pu se
tourner vers des serveurs de pre
prints efficaces, souligne John In
glis, à l’origine des deux sites. La
pandémie est une tragédie, et les
communautés de chercheurs et de
cliniciens se sont rapidement mo
bilisées pour tenter de comprendre
la biologie du virus, sa dynamique
de transmission, ses symptômes...
Il est urgent que de nouvelles infor
mations sur tous ces sujets soient
partagées très largement entre les
scientifiques et les médecins. »
Mais, si ce procédé accélère la
diffusion auprès des collègues, il
ne garantit pas la qualité de ce
qui est proposé. Depuis le 1er fé
vrier, le site de bioRxiv prévient :
« Ce sont des résultats préliminai
res qui n’ont pas encore été revus
par les pairs. Ils ne doivent pas
être considérés comme conclusifs,
ne doivent pas guider une prati
que clinique, ou être diffusés dans
les médias comme des informa
tions solides. »
L’avertissement faisait suite à
un dérapage de la procédure. Le
31 janvier, une équipe indienne
mettait en ligne sur bioRxiv son
analyse de la séquence génétique
du nouveau virus et repérait une
similitude non naturelle avec
celle du VIH, faisant soupçonner
une manipulation artificielle
ayant conduit au 2019nCoV. Se
lon Altmetric, entreprise pro
priété de Digital Science, dès le
lendemain, 11 600 Tweet conte
naient l’identifiant unique de cet
article, pour atteindre, en une di
zaine de jours, un total de plus de
22 400 micromessages. Mais plus
d’une centaine de commentaires
dans bioRxiv ont rapidement
conduit à sa suppression du site,
les auteurs affirmant qu’ils al
laient reprendre leurs analyses.
Pour tenter d’y voir plus clair
dans cette profusion, un nouveau
site a été lancé, avec le soutien de
la fondation Wellcome Trust, out
breaksci.prereview.org, qui per
met à n’importe quel chercheur
de déposer sa relecture avisée sur
les preprints piochés dans
bioRxiv ou medRxiv, comme il le
ferait à la demande d’une revue.
Le site Rxivist se contente, lui, de
repérer les preprints les plus télé
chargés, tandis que le site con
nect.medrxiv.org alerte sur les
derniers dépôts.
Open access
Mais la publication traditionnelle
aussi a ses travers. Le 30 janvier, le
New England Journal of Medicine
(NEJM) publiait une courte lettre
décrivant une patiente sans
symptômes, mais qui en aurait
contaminé d’autres. Cependant,
l’agence de santé allemande con
testa rapidement cette informa
tion mal documentée ; la patiente
étant en fait déjà bien malade.
L’épisode témoigne d’une in
contestable accélération du
rythme de publication. Les pre
miers articles décrivant l’épidé
mie chinoise ont été publiés par
The Lancet, le NEJM ou Nature, un
mois seulement après les pre
miers cas identifiés, alors que le
processus prend d’habitude plu
sieurs mois.
Quantité, vitesse... le Covid
induit d’autres changements
dans les pratiques. Longtemps, le
modèle de l’édition scientifique a
reposé sur un modèle payant, où
les lecteurs devaient s’abonner
pour accéder aux articles. Mais,
depuis une vingtaine d’années,
un mouvement visant à libérer
cette connaissance s’impose :
l’open access. Il vient de connaître
une nouvelle accélération avec la
décision, à partir de mifévrier, de
plusieurs éditeurs, payants, de
rendre gratuits leurs articles sur
le nouveau coronavirus.
Cependant, Vincent Larivière et
ses collègues de l’université de
Montréal, le 13 février, dans la re
vue de l’Association de promo
tion et défense de la recherche en
français, estimaient « insuffisan
tes » ces avancées, car la littéra
ture passée sur le coronavirus et
des articles cités en référence par
les publications récentes restent
payants. « Il est essentiel que tous
les acteurs reconnaissent ce que
cette crise de santé publique a
rendu évident : l’accès libre immé
diat aux résultats de la recherche
est nécessaire à l’avancement effi
cace et approprié des connaissan
ces », ajoutentils.
david larousserie
Des milliers de lits de réanimation nécessaires à Paris
Les premières estimations hospitalières étaient très loin du compte
C
e samedi 14 mars restera
marqué d’une pierre blan
che dans les annales de
l’Assistancepublique Hôpitaux de
Paris (APHP). Ce jourlà, une dou
zaine d’épidémiologistes et de
médecins se sont réunis au siège
pour présenter leurs scénarios
pour l’épidémie de Covid19. Pour
eux, pas de doute : les premières
estimations d’hospitalisations sur
lesquelles les équipes tablaient
sont très loin du compte. Phéno
mène rare, tous les experts con
vergent vers une conclusion : en
IledeFrance, ce n’est pas des cen
taines de lits de réanimation qu’il
faudrait au pic de l’épidémie, mais
potentiellement des milliers.
Moins de quarantehuit heures
après l’annonce de la fermeture de
toutes les écoles en France et quel
ques heures seulement avant
l’avis de fermeture de tous les
commerces, cafés et restaurant −
leurs différents scénarios ont con
duit l’APHP à revoir sa stratégie.
Selon les différents modèles qui
lui ont été présentés, si les pre
mières mesures d’« atténuation »
de l’épidémie n’étaient pas effica
ces, et en l’absence de disposi
tions plus contraignantes d’« en
diguement », il faudrait entre
3 000 et 4 000 lits de réanimation
simultanément pour faire face à
l’afflux de patients. Ces chiffres,
basés notamment sur les modè
les de l’épidémiologiste britanni
que Neil Ferguson, sont très loin
du scénario envisagé jusquelà : la
veille de cette réunion, dans un
entretien au Monde, Martin
Hirsch estimait qu’il faudrait con
sacrer, aux patients Covid19,
400 lits de réanimation sur les
1 500 que compte le groupe. « Ce
scénario est évitable », indique au
Monde l’APHP, en soulignant que
le confinement général de la po
pulation à partir de mardi midi
aura un impact fort sur la cinéti
que de l’épidémie, et donc le nom
bre d’hospitalisations.
Opérations déprogrammées
Selon nos informations, ces pro
jections, présentées à l’Elysée dès
le jeudi 12 mars, n’ont pas été par
tagées d’emblée avec l’APHP.
Passé le « choc », selon les mots
d’un des participants à la réunion,
des mesures ont immédiatement
été prises pour préparer les hôpi
taux à affronter une vague bien
plus importante que prévue.
Lundi 16 mars, près de 60 % des in
terventions chirurgicales non ur
gentes avaient été déprogram
mées, contre 44 % le vendredi.
Toutes les capacités chirurgicales
d’IledeFrance publiques et pri
vées, y compris les salles de réveil,
devraient aussi être transformées
en salle de réanimation afin d’ac
cueillir les patients Covid19, dont
certains devront rester hospitali
sés plusieurs semaines.
A la PitiéSalpêtrière, l’un des
centres de référence pour le Co
vid19, l’ouverture de lits de réani
mation s’est accéléré dans les 48
dernières heures. Aux 46 lits déjà
disponibles vont s’ajouter 20 lits
supplémentaires d’ici mercredi.
« On tient le rythme », estime le Dr
Alexandre Demoule, réanimateur
à la PitiéSalpêtrière. Il s’attend à
une accélération de l’épidémie
d’ici deux à trois semaines, avec
un pic dans 4 à 6 semaines. Les
projections du modèle « ne sont
qu’une possibilité », insistetil
mais « on ne peut pas l’écarter ».
« Nous devons tout donner pour
être prêts à accueillir les patients in
fectés, tout en continuant à ac
cueillir dans de bonnes conditions
les autres patients », indiquetil.
chloé hecketsweiler
Les scénarios alarmistes
de modélisateurs britanniques
Une équipe de chercheurs anglais a rendu publiques des projections
qui suggèrent que l’endiguement du virus nécessitera des mois
F
ace à un virus tel que le
SARSCoV2, contre lequel
n’existent encore ni vac
cin ni traitement à l’effi
cacité cliniquement éprouvée,
quel serait l’impact de mesures
non pharmaceutiques pour ré
duire la mortalité et la pression
sur le système de santé? C’est la
question à laquelle s’est attachée
l’équipe de Neil Ferguson (Impe
rial College, Londres), spécialisée
dans les modélisations des épidé
mies, et qui a fait porter ses analy
ses sur les cas du RoyaumeUni et
des EtatsUnis. La réponse est gla
çante : quelles que soient les stra
tégies mises en œuvre, le nou
veau coronavirus aura des réper
cussions « profondes » et de lon
gue durée sur ces pays et les
nations comparables, et les mesu
res ne garantiront pas contre un
éventuel rebond de l’épidémie.
Ces résultats, particulièrement
frappants, présentés jeudi à l’exé
cutif français par le conseil scien
tifique Covid19, ont incité le gou
vernement à envisager des mesu
res fortes, les remontées des ser
vices hospitaliers déjà en
surchauffe achevant de le con
vaincre de l’urgence à agir de fa
çon décisive.
Protection immunitaire
Neil Ferguson a voulu comparer
deux options s’offrant aux déci
deurs politiques étant estimé
d’emblée que l’alternative du
« laisserfaire » se traduirait par
510 000 et 2,2 millions de morts
respectivement au RoyaumeUni
et aux EtatsUnis, avec un pic de
mortalité fin mai début juin. Ces
deux options sont qualifiées de
« mitigation » (atténuation) et de
« suppression » (endiguement),
en jouant sur cinq types d’action :
isolement des cas confirmés à do
micile ; mise en quarantaine de
leur famille ; distanciation sociale
des personnes de plus de 70 ans,
distanciation élargie à l’ensemble
de la population ; fermeture des
écoles et des universités.
La première option, l’atténua
tion, n’a pas pour objectif premier
d’interrompre complètement la
circulation du virus mais de ré
duire l’impact sanitaire de l’épidé
mie. Pour y parvenir, différentes
possibilités sont étudiées,
comme la mise en quarantaine
des cas identifiés et de leur fa
mille, la fermeture des écoles et
des mesures plus ou moins éten
dues de « distanciation sociale ».
Dans ce scénario, l’immunité de
la population se renforce au fil de
l’épidémie, conduisant, in fine, à
un déclin du nombre de cas. C’est
peu ou prou celle envisagée par le
gouvernement de Boris Johnson
jusqu’à ces dernières heures, mi
sant sur une acquisition d’une
protection immunitaire collec
tive lorsqu’un pourcentage suffi
sant de la population a été atteint.
La seconde option, l’endigue
ment, vise à faire en sorte qu’un
individu donné transmette le vi
rus à moins d’une personne, con
duisant à l’extinction de l’épidé
mie. Cette stratégie appliquée
par la Chine de façon autoritaire
suppose des mesures plus radi
cales allant jusqu’au confine
ment de la population entière.
Mais après cinq mois d’un tel ré
gime, l’épidémie risquerait de
flamber en cas d’interruption de
ces mesures.
L’équipe de l’Imperial College a
donc imaginé une stratégie où les
mesures de « suppression » se
raient périodiquement allégées,
puis réinstaurées dès que les cas
se remettraient à menacer les ca
pacités de prise en charge. A
l’échelle de la GrandeBretagne,
elles devraient être en vigueur les
deux tiers du temps jusqu’à ce
qu’un vaccin ne soit disponible
(ce qui n’est pas envisagé avant
douze à dixhuit mois) et pose
raient en pratique de grandes dif
ficultés d’adaptation des structu
res collectives.
« Notre principale conclusion est
que l’atténuation n’empêcherait
pas une augmentation des cas qui
excéderait jusqu’à huit fois les ca
pacités en lits d’hôpitaux et de réa
nimation, dans le scénario le plus
optimiste », écrivent les cher
cheurs. Et même si l’ensemble des
patients pouvaient être pris en
charge, il y aurait encore 250 000
morts au RoyaumeUni, et jus
qu’à 1,2 million aux EtatsUnis.
Pour Neil Ferguson et ses collè
gues, la conclusion est que l’endi
guement de l’épidémie « est la
seule stratégie viable actuellement.
Les effets sociaux et économiques
des mesures nécessaires pour y
parvenir seront profonds ». Ils no
tent que plusieurs pays les ont
d’ores et déjà adoptées, mais que
même ceux qui n’en sont encore
qu’à un stade précoce de l’épidé
mie sur leur sol « tel que le Royau
meUni, devront le faire de façon
imminente ». La France vient de le
précéder sur ce chemin.
Ces conclusions alarmantes
font écho à des travaux du labora
toire InsermSorbonne Univer
sité EpixLab dirigé par Vittoria
Colizza (Inserm, SorbonneUni
versité), montrant l’efficacité et
les limites des fermetures d’écoles
et du développement du télétra
vail. « Les fourchettes données par
l’équipe de Ferguson sur le nombre
de cas et de décès sont tout à fait en
ligne avec nos modèles. Elle a pris
en compte deux stratégies qui tien
nent compte des politiques adop
tées au RoyaumeUni et aux Etats
Unis, sans inclure le télétravail
dans les mesures à combiner,
comme nous l’avons fait », souli
gne la chercheuse. En France, les
équipes de modélisation com
mencent à intégrer les données
en provenance d’Italie, qui per
mettront de se rapprocher davan
tage de la situation française.
« Dans quinze jours, nous ver
rons si les mesures qui entrent en
vigueur en France marchent pour
endiguer l’épidémie, mais le pic est
encore éloigné. Elles devront rester
en place suffisamment longtemps
pour qu’une immunité de groupe
soit présente dans la population
afin d’éviter un rebond des infec
tions. Nous travaillons à estimer
quand il serait optimal de pouvoir
les lever mais en attendant, il faut
qu’elles soient strictement appli
quées », insiste Vittoria Colizza.
Eviter une vague de décès
Dans son avis du 12 mars, le con
seil scientifique Covid19 notait
que par le passé, des modélisa
tions avaient « souvent fait des
prédictions exagérées ». Mais la
transposition des résultats de
l’équipe de Ferguson à la France
semblait limpide : « Sans même se
placer dans des scénarios extrê
mes, ni dans les scénarios “les pires
probables” au sens des modèles
mathématiques, des hypothèses
intermédiaires faisaient déjà ap
paraître avec un degré de plausibi
lité élevé, un écart important entre
le nombre de cas sévères nécessi
tant une réanimation avec les ca
pacités hospitalières françaises,
même augmentées par des mesu
res appropriées. »
Pour éviter une vague de décès,
les experts recommandaient des
mesures « plus contraignantes »,
rappelant que « pour un virus
comme SARSCoV2, il faut réduire
d’au moins 60 % les contacts ». Les
modèles de Neil Ferguson sem
blent avoir eu l’effet d’un électro
choc : le jour même de leur pré
sentation à l’Elysée, le président
de la République annonçait la fer
meture des écoles, et dès le sa
medi celle des commerces, cafés
et restaurants.
Dans leur dernier avis du
16 mars, les scientifiques s’alar
maient cependant de « la nonper
ception d’une partie de la popula
tion de la gravité de la situation »
soulignant que les comporte
ments ne s’étaient « pas suffisam
ment modifiés ». Quelques heures
plus tard, le confinement général
de la France était prononcé.
paul benkimoun,
chloé hecketsweiler
et hervé morin
« La pandémie est
une tragédie et
les chercheurs se
sont rapidement
mobilisés
pour tenter
de comprendre »
JOHN INGLIS
créateur des sites
arXiv et bioRxiv
LES CHIFFRES
510
morts au Royaume-Uni selon
le scénario du « laisser-faire »
Ce nombre élevé de morts
prévisibles au Royaume-Uni
dans les trois prochains mois
correspond au scénario dans
lequel aucune mesure d’endi-
guement n’était engagée, selon
une étude de l’Imperial College
de Londres. Un total qui monte
à 1,2 million aux Etats-Unis,
l’autre pays étudié par l’équipe
de Neil Ferguson.
5 MOIS
de mesures d’endiguement
Etendues sur une période de
cinq mois, de mars à septembre,
selon la même étude de l’Impe-
rial College, certaines mesures
fortes d’endiguement
permettraient de ne pas
submerger les capacités des lits
en réanimation. Mais la levée
des mesures s’accompagnerait
ensuite d’une remontée rapide
des cas, alertent les chercheurs.
La conclusion
est que
l’endiguement
de l’épidémie
« est la seule
stratégie viable
actuellement »