Antibiotic Resistance Protocols (Methods in Molecular Biology)

(C. Jardin) #1
167

Stephen H. Gillespie (ed.), Antibiotic Resistance Protocols, Methods in Molecular Biology, vol. 1736,
https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7638-6, © Springer Science+Business Media, LLC 2018


A


Algae ���������������������������������������������������������������������������������� 85
Algorithms �������������������������������������������������������������������81, 82
Ampicillin������������������������������������������������4, 6, 8, 12, 108, 112
Antibiotic resistance ���������������������������������v, 3, 17, 22, 24, 29,
95, 97, 129, 148
Antimicrobial susceptibility testing (AST) �������������������75–83
Autoinducer peptides (AIPs) ��������������������������������������������2, 3


B


Bacillus subtilis����������������������������������������������������������������������� 3
Bacterial load �����������������������������������������������20, 24, 141–143,
153, 161
Bacteriophage transduction ������������������������������������19, 22, 23
Bacteroides �����������������������������������������������������������������109, 111
β-lactam ����������������������������������������������������������������������77, 105
Buoyant density ������������������������������������������������86, 88, 89, 91


C


Calcein violet (CV ) ������������������������������������������������������51–53
Carbapenemase ���������������������������������������������������������������� 112
Cefotaxime �������������������������������������������������������107, 108, 112
Cefuroxime ���������������������������������������������������������������108, 112
Chemoattractant������������������������������������������������������������������� 3
Chemostat ��������������������������������������������������������������60–69, 71
Chromogenic agar ��������������������������������������������107, 111, 112
Ciprofloxacin �����������������������������������������97, 98, 100, 108, 112
Clindamycin �������������������������������������������������������������108, 112
Continuous culture �������������������������������������������������������59–72
Corynebacterium glutamicum ������������������������������������������������ 52
Cryostat ������������������������������������������������������������������43, 44, 47


D


Digital camera �������������������������������������������������������������������� 76
Digital time-lapse bright field screening ���������������������������� 76
DMSO �������������������������������������������������������������52, 54, 88–90
DNA �����������������������������������17, 18, 20, 25, 30–32, 34, 37, 52,
97, 99, 102, 107, 108, 110, 121, 129, 130,
132–135, 138, 140, 143
DNA amplification�������������������������������������������������������25, 30
DNA gyrase������������������������������������������������������������������������ 95
DOT level ��������������������������������������������������������66, 67, 71, 72
Duplex PCR ��������������������������������������������������������������������� 107


E
Efflux pumps ������������������������������������������������������������������������ 2
Electroporate ���������������������������������������������������������������������� 22
Enterobacteriaceae ������������������������������������������������������106, 112
Enterococcus spp ���������������������������������������������������������111, 112
Escherichia coli �����������������������������������4, 12, 18, 21, 25, 31–34,
37, 76, 95, 97–99, 102, 105–113, 131, 133, 135
Evolution ��������������������������������������������������������29, 31, 95–102
Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) ����������������� 106
F
Flow cytometry��������������������������������������������51, 87, 88, 90, 91
Fluctuation test �������������������������������������������������������������30, 31
Fluorescence �������������������������������3, 32–37, 42, 46, 48, 51–56,
87, 90, 140, 142, 149, 150, 152, 153
Fluorochromes�������������������������������������������������������������������� 51
G
Gel electrophoresis ����������������������������107, 110, 111, 129–135
Genotype ������������������������������������������������������������������102, 105
Gentamicin ���������������������������������������������������������������107, 111
H
Heavy water ������������������������������������������������������������������������ 88
High-fidelity PCR reagents ����������������������������������������������� 18
HPLC ������������������������������������������������������������������������������4–7
I
Image-based analysis ���������������������������������������������������������� 76
Intestinal colonization ������������������������������������������������������ 106
Isogenic strains ���������������������������������������������17, 99, 148, 150
Isopycnic centrifugation ����������������������������������������������������� 86
K
Klebsiella ���������������������������������������������������106, 111, 131, 135
L
Lactobacillus lactis ������������������������������������������������������������������ 3
lacZ �������������������������������������������������������������������������������33, 37
M
McFarland standard ����������������������������������������������������������� 79

Index
Free download pdf