Mecillinam ����������������������������������������������������������������������� 112
Merodiploid������������������������������������������������������������������������ 24
Meropenem ��������������������������������������������������������������108, 112
Metronidazole ����������������������������������������������������������108, 112
Microbial physiology ������������������������������������������������������������ 1
Microbiome ����������������������������������������������������������������52, 106
Microflora�����������������������������������������������������������������106, 107
Minimal inhibitory concentration (MIC) ������������53, 96–102
Mismatch repair ����������������������������������������������������������������� 31
Mouse models ������������������������������������������������������������������ 106
Multi-drug-resistant ���������������������������������������������������77, 107
Mutant ����������������������������10, 25, 32, 33, 37, 95–97, 148, 154
MutL ����������������������������������������������������������������31–34, 36, 37
MutS ����������������������������������������������������������������������31, 34, 37
Mycobacterium tuberculosis ���������������������41, 51–55, 59, 85, 96,
117–126, 137, 158, 160–165
N
N-acyl homoserine lactones �������������������������������������������������� 2
Neutrophils ����������������������������������������������������������������������� 147
Nile red �������������������������������������������������������������������86–90, 92
Nonpolar lipids �������������������������������������������������������������87, 88
O
oCelloScope������������������������������������������������������������������76–82
One g separation ����������������������������������������������������������88–89
Optical scanning ����������������������������������������������������������������� 78
P
Pathogen �����������������������������17, 18, 30, 42, 44, 106–108, 111,
117, 125, 147, 148
Phenotypic �����������������������������v, 30, 41–49, 60, 75, 85–92, 96
Plasmid �������������������������������������17, 18, 21, 22, 24–26, 32, 34,
102, 105, 129, 132–134, 155
Polymorphic DNA ����������������������������������������������������������� 107
Pseudomonas aeruginosa �����������������������������3–6, 8–10, 12, 131
Q
Quorum sensing (QS) ����������������������������������������������������1–13
R
Raman ��������������������������������������������������������������������41, 43, 44
Raman spectroscopy ����������������������������������������������������������� 41
Real-time ��������������������������������������������������������29–38, 75, 142
Relative fitness ��������������������������������������������������������95, 96, 99
Ribosome ���������������������������������������������������������������������������� 95
Rifampicin ����������������������������31, 33, 37, 42, 72, 96, 158, 160,
161, 164
RNA polymerase ���������������������������������������������������������������� 95
rpoB ������������������������������������������������������������������������������������ 96
S
Selection ���������������������������������������������19, 23, 30, 95–97, 101,
102, 106
Serial passage �����������������������������������������96, 99, 101, 109, 112
Signal molecules ���������������������������������������������������������2, 4–10
Single cell population ��������������������������������������������������������� 56
Single-cell genome sequencing ������������������������������������������� 30
Staphylococcus aureus �������������������������������17–26, 150, 152, 153
SYTOX-green (SG) �����������������������������������������������������51–54
T
Thin layer chromatography (TLC) ����������������������3–9, 11–13
Transformants ��������������������������������������������������������������21, 25
Tuberculosis ��������������������������������41, 51, 59, 85, 96, 117, 137,
157–165
U
UV camera ������������������������������������������������������������������������ 108
W
Wavelength �������������������������������������������������������������41, 53, 91
Wavelength modulated Raman (WMR) ���������������������������� 41
Whole genome sequencing (WGS) ���������������60, 96–99, 102
Z
Zebrafish embryos ���������������������139, 140, 150–152, 154, 155168
Antibiotic ResistAnce PRotocols, Methods in MoleculAR biology
Index