295Alfred K. Lam (ed.), Esophageal Adenocarcinoma: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, vol. 1756,
https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7734-5, © Springer Science+Business Media, LLC 2018
A
Adenocarcinoma ���������������������1–16, 19–32, 35–49, 51–63,
67–75, 82, 85–91, 93–103, 105, 135–141, 143–149,
151–162, 165–184, 187–208, 213–226, 231–245,
247, 257, 269–278, 281–292
Adenoid cystic carcinoma ���������������������������������������69, 70, 96
Adenosquamous carcinoma ������������������������������������������72, 96
Animal model reflux �������������������������������������������������143–149
B
Barrett oesophagus ����������������������������2, 3, 5, 7, 35, 36, 69–71,
106, 107, 120, 143–145, 188, 200, 213, 215–218, 232,
248, 249, 258, 282
C
Cancer stem cells ������������������������������������������������������165–176
Chemotherapy �������������������������������4, 8–10, 15, 16, 19–32, 37,
51–54, 56, 60, 68, 70, 85, 89–91, 106, 151, 167, 178,
195, 233, 270, 282
Circulating DNA �����������������������������������������������������187–190
Circulating tumour cell (CTC) �����������������177–184, 187, 188
Clinical features �������������������������������������������������������������������� 3
D
Digital polymerase chain reaction ����������������������������195–208
DNA copy number alterations ���������������������������������195–208
DNA genome sequencing ����������������������������������������231–245
DNA methylation ����������������������������������������������������247–254
Dysplasia �����������������������������3, 4, 69–71, 82, 89, 96, 107, 120,
136, 145, 188, 214, 216–218, 247, 248
E
Endoscopic resection (EMR) ���������������������������������������77, 81
Epidermal growth factor receptor (EGFR) �����������������52–54,
106, 120, 196, 214
F
Flow cytometry ���������������������������������������������������������������� 183
G
Grade ������������������������������13, 28, 29, 38, 55, 57, 58, 70–72, 75,
82, 91, 95, 96, 98, 100, 103, 107, 145, 167, 188, 200,
214, 216–219, 251, 273
H
Histopathology ���������������������������������������������������������������������v
Human epidermal growth factor 2 (HER2) ����������������������5, 32,
52–54, 57, 59, 78, 95, 106, 107, 120, 122, 123, 126, 129,
136, 140, 196
I
Image analysis����������������������������������������������������������� 140, 277
Immunohistochemistry ������������������������������������������52, 53, 57,
59, 62, 86, 92, 105–107, 120, 123, 125, 127, 128, 130,
131, 162, 216
In situ hybridization ����������������������������������124–127, 130, 136
L
Liquid biopsy ���������������������������������������������177, 178, 187–194
M
Mammalian target of rapamycin (mTOR) ����������������56, 106,
119, 270
Mesenchymal epithelial transition (MET) ������������������57, 58,
179, 197, 271–277
MicroRNA (miRNA) ��������������������������������������247, 257–266,
270, 272
Mucoepidermoid carcinoma �����������������������������������69, 72, 96
N
Next generation sequencing �������������������������������������189, 219,
231–234, 236
O
Oesophagogastrectomy �������������������������������������������������85–92
P
Pathological staging (pTNM) ������������������������������������93–103
Post- neoadjuvant therapy staging (Yp TNM) ����������������� 103
Prognosis ��������������������������������5, 36, 57, 60, 70, 72, 73, 86, 93,
96, 120, 143, 178, 180, 181, 199, 248, 257, 258
Proteomic �����������������������������������������������������������������281–292
R
Radiotherapy ���������������������������������������4, 7–16, 19, 20, 31, 68,
85, 89–91, 167
RNA interference �����������������������������������������������������269–278