Nature - USA (2020-01-02)

1

n at ur e r es e ar c h | r e p orti n g s u m m ar y

O ct o b er 2 0 1 8

C orr es p o n di n g a ut h or(s): N aj o u a L al a o ui

L ast u p d at e d b y a ut h or(s): S e p 2 2, 2 0 1 9

R e p orti n g S u m m ar y

N at ur e R es e ar c h wis h es t o i m pr o v e t h e r e pr o d u ci bilit y of t h e w or k t h at w e p u blis h. T his f or m pr o vi d es str u ct ur e f or c o nsist e n c y a n d tr a ns p ar e n c y

i n r e p orti n g. F or f urt h er i nf or m ati o n o n N at ur e R ese ar c h p oli ci es, s e e A ut h ors & R ef er e es a n d t h e E ditori al P oli c y C h e c klist.

St atisti cs

F or all st atisti c al a n al ys es, c o nfir m t h at t h e f ollo wi n g it e ms ar e pr es e nt i n t h e fi g ur e l e g e n d, t a bl e l e g e n d, m ai n t e xt, or M e t h o ds s e cti o n.

n/ a C o nfir m e d

T h e e x a ct s a m pl e si z e ( n ) f or e a c h e x p eri m e nt al gr ou p/ c o n diti o n, gi v e n as a dis cr et e n u m b er a n d u nit of m e as ur e m e nt

A st at e m e nt o n w h et h er m e as ur e m e nts w er e t a k e n fr o m disti n ct s a m pl es or w h et h er t h e s a m e s a m pl e w as m eas ur e d r e p e at e dl y

T h e st atisti c al t est(s) us e d A N D w h et h er t h e y ar e on e- or t w o-si d e d

O nl y c o m m o n t ests s h o ul d b e d es cri b e d s ol el y b y n a me; d es cri b e m or e c o m pl e x t e c h ni q u es i n t h e M et h o ds s e cti o n.

A d es cri pti o n of all c o v ari at es t est e d

A d es cri pti o n of a n y ass u m pti o ns or c orr e cti o ns, s uc h as t ests of n or m alit y a n d a dj ust m e nt f or m ulti ple c o m p aris o ns

A f ull d es cri pti o n of t h e st atisti c al p ar a m et ers i ncl u di n g c e ntr al t e n d e n c y ( e. g. m e a ns) or ot h er b asic esti m at es ( e. g. r e gr ess i o n c o effi ci e nt)

A N D v ari ati o n ( e. g. st a n d ar d d e vi ati o n) or ass o ci ate d esti m at es of u n c ert ai nt y ( e. g. c o nfi d e n c e i nt er vals)

F or n ull h y p ot h esis t esti n g, t h e t est st atisti c ( e.g. F , t, r) wit h c o nfi d e n c e i nt er v als, eff e ct si z es, d e gr e es of fr e e d o m a n d P v al u e n ot e d

Gi v e P v al u es as e x a ct v al u es w h e n e v er s uit a bl e.

F or B a y esi a n a n al ysis, i nf or m ati o n o n t h e c h oi c e of pri ors a n d M ar k o v c h ai n M o nt e C arl o s etti n gs

F or hi er ar c hi c al a n d c o m pl e x d esi g ns, i d e ntifi c ati on of t h e a p pr o pri at e l e v el f or t ests a n d f ull r e p orti n g of o ut c o m es

Esti m at es of eff e ct si z es ( e. g. C o h e n's d , P e ars o n's r), i n di c ati n g h o w t h e y w er e c al c ul at e d

O ur w e b c oll e cti o n o n st atisti cs f or bi ol o gists c o nt ai ns arti cl es o n m a n y of t h e p oi nts a b o v e.

S oft w ar e a n d c o d e

P oli c y i nf or m ati o n a b o ut a v ail a bilit y of c o m p ut er co d e

D at a c oll e cti o n E x o m e S e q u e n ci n g w as p erf or m e d o n a n Ill u mi n a Hi S e q 2 0 0 0, 2 5 0 0 a n d N o v a S e q 6 0 0 0). R N A S e q u e n ci n g w as perf or m e d o n a n Ill u mi n a

Hi S e q 3 0 0 0 S yst e m.

C ell d e at h w as m o nit or e d b y ti m e-l a ps e i m a gi n g usi ng t h e I n c u C yt e li v e c ell a n al ysis i m a gi n g ( Ess e n bi os ci e n c e) a n d t h e O p er a P h e ni x T M

Hi g h C o nt e nt S cr e e ni n g S yst e m ( P er ki n El m er, U S A).

D at a a n al ysis E x o m e S e q u e n ci n g w as a n al y z e d as f oll o ws: ali g n m e nt wit h N o v o ali g n; d u pli c at e m ar ki n g wit h Pi c ar d; r e-ali g n m e nt, r e- c ali br ati o n , a n d

v ari a nt c alli n g wit h G A T K; a n d a n n ot ati o n wit h A n n ov ar.

R N A S e q u e n c e d r e a ds w er e m a p p e d a g ai nst t h e h u m a n ref er e n c e g e n o m e ( G R C h 3 8) usi n g his at v 2. 2. 1. 0 3 5. R ea ds m a p p e d t o

h e m o gl o bi n g e n es w er e r e m o v e d fr o m f urt h er a n al ysis. M a p p e d r e a ds w er e q u a ntifi e d usi n g H T S e q 3 6, 3 7. All t h e c o u nt d at a w er e

n or m ali z e d usi n g T C C 3 8 a n d diff er e nti all y e x pr ess e d g e n es w er e d et e ct e d usi n g e d g e R 3 9. G e n e o nt ol o g y enri c h m e nt a n al ysis w as

p erf or m e d usi n g D A VI D 3 7. T h e ori gi n al R N A s e q u e n ci ng d at a is u pl o a d e d a n d a v ail a bl e o nli n e ( G e n e E x pr essi o n O m ni b us: G S E 1 2 7 5 7 2).

F or t h e O p er a P h e ni x T M, i m a g es w er e a n al ys e d usi n g t h e s er v er b as e d C ol u m b us 2. 8. 0 s oft w ar e ( P er ki n El mer, U S A) t o i d e ntif y n u cl ei

b as e d o n Si R- D N A st ai ni n g a n d d e a d c ells usi n g PI st ai ni n g. R es ults w er e e x p ort e d as c o u nts p er w ell to b e pr o c ess e d a n d gr a p h e d usi n g R

St u di o ( htt ps:// w w w. R- pr oj e ct. or g/) wit h t h e ti d y v ers e p a c k a g e ( htt ps:// C R A N. R- pr oj e ct. or g/ p a c k a g e =ti dy v ers e).

F or m a n us cri pts utili zi n g c ust o m al g orit h ms or s oftw ar e t h at ar e c e ntr al t o t h e r es e ar c h b ut n ot y et des cri b e d i n p u blis h e d lit er at ur e, s oft w ar e m ust b e m a d e a v ail a bl e t o e dit ors/r e vi e w ers.

W e str o n gl y e n c o ur a g e c o d e d e p ositi o n i n a c o m m u nity r e p osit or y ( e. g. Git H u b). S e e t h e N at ur e R es e ar c h g ui d eli n es f or s u b mitti n g c o d e & s oft w ar e f or f urth er i nf or m ati o n.