56/ PORTUGAL FAZ BEMcriado depois das diligências do Estado
Português para garantir a cedência do
supercomputador outrora usado no Cen-
tro de Computação Avançada do Texas,
EUA. Em 2021, esta máquina deverá ter a
companhia de uma outra de 10 Petaflops
que mereceu o financiamento do progra-
ma EuroHPC, da UE. A esta ferramenta
juntam-se 10% da capacidade de cálculo
de um novo supercomputador também
subvencionado pela UE, que vai ser insta-
lado em Barcelona para executar cálculos
a velocidades de 250 a 300 petaflops.
“Nem todos os cientistas vão ser obri-
gados a aprender a programar em super-
computadores, mas certamente vai haver
bioquímicos que vão sentir a necessidade
de criar os seus próprios programas...
porque ainda há alguma ineficiência nos
programas desenvolvidos por supercom-
putadores”, explica António Cunha, an-
tigo reitor da Universidade do Minho e
mentor da criação do MACC.
Criada nos laboratórios da Universi-
dade de Coimbra, a BSIM Therapeutics
está apostada em tomar a dianteira das
startups portuguesas que desenham
medicamentos a partir de simulações.
O futuro fármaco tem por objetivo o
tratamento da paramiloidose (conhe-
cida como “doença dos pezinhos”). A
startup beirã tem a expectativa de que os
primeiros testes com humanos possam
ser realizados dentro de um ano.
“Tipicamente, um novo fármaco de-
mora entre 12 e 15 anos a ficar pronto para
entrar no mercado. Metade desse tempo
deve-se ao testes laboratoriais e ensaios
clínicos. É antes desses tipo de testes
que a supercomputação pode ter um
papel importante, em termos de tempo
e custos despendidos. As atividades em
laboratório terão sempre de ser feitas –
mas passam a incidir num conjunto de
moléculas que mostram potencial nas
dificuldade em reproduzir nas células,
mas implicam simplificação – e estão
longe de liderar o processo. “O compu-
tador não diz o que é necessário fazer.
Somos nós que inferimos. Por que é que
há uma atração que leva uma célula a
desviar-se? Ou por que é esta amina é
demasiado grande? Aí entramos na fase
do “por que não?”: Por que não usar um
grupo químico de menores dimensões?
Ou por que não mudar as cargas elétri-
cas para forçar repulsões ou atrações?”,
exemplifica Miguel Castanho.
A fase do “por que não” pode ser de-
cisiva, mas nada impede que os cien-
tistas usem as simulações numa lógica
que poderia ser classificada como a fase
do “e se?”. O que, em vez de corrigir
ou acrescentar, pressupõe previsões.
E essa vertente pode revelar-se espe-
cialmente útil quando se sabe que os
vírus e as bactérias têm a capacidade
de mutação. “Os supercomputadores
podem ser muito importantes para pre-
ver as mutações com maior potencial
de virulência. Depois de identificadas,
essas mutações são introduzidas em
laboratório, para confirmar os efeitos
produzidos no vírus. E isto já é feito
todos os anos em muitos laboratórios
para o lançamento de novas vacinas para
a gripe”, conclui Tiago Paixão.
Tiago Rodrigues acredita que a super-
computação possa ter menos prepon-
derância para uma vacina para o SARS-
-Cov-2, uma vez que já são conhecidas
as proteínas de superfície do vírus: “Mas
para o desenvolvimento de uma molé-
cula que tira partido das fragilidades já
conhecidas do vírus e que pode tratar
pessoas que foram infetadas porque não
foram vacinadas já poderá ser bastante
importante”. Numa ou noutra variante,
à humanidade resta apenas esperar que
as contas batam certo.simulações” refere Carlos Simões, diretor
de Tecnologias da BSIM Therapeutics.PENSO LOGO COMPUTO
E não se pense que os supercomputado-
res dispensam os cientistas. Até porque
as máquinas podem ser ágeis a simular o
microcosmos, mas ainda não conseguem
processar todos os fatores que deter-
minam a vida. “É como desenhar um
automóvel: quando criamos um novo
modelo temos de ter em conta a potência,
a aerodinâmica, os consumos, a segu-
rança... nas moléculas não basta saber
que atuam num determinado alvo (de
um organismo patogénico). Também
temos de ter a garantia de que superam
o tubo digestivo, que não são tóxicas, e
que têm forma de chegar ao alvo, entre
outras coisas”, refere Carlos Simões.
Perante os requisitos técnicos e re-
gulatórios do setor farmacêutico, há
quem prefira usar os computadores para
agilizar a descoberta de novas aplica-
ções de um fármaco com um princípio
ativo já conhecido. É esta a lógica que
está na origem da TargTex, startup que
pretende apurar a eficácia de diferentes
fármacos no tratamento de tumores
como o Glioblastoma ou da Leucemia
Mieloide Aguda.
O facto de um supercomputador con-
cluir em 15 minutos uma análise que
demora anos a ser feita por humanos é
o fator diferenciador da TargTex. Tia-
go Rodrigues, diretor de tecnologias da
startup, sabe que a lógica do pronto a
usar é uma mais-valia, mas admite que
há um grande filão por desbravar: “O
desenvolvimento de fármacos a partir
do zero exige mais investimentos e é
mais demorado, mas é mais facilmente
patenteável e promete maior retorno”.
Os supercomputadores simulam com-
portamentos que os laboratórios têmLigação do SARS-CoV-2 a uma célula infetada.
A amarelo: proteína S do SARS-CoV-2. A rosa: recetor da célula
(ACE2). A azul: transportador de aminoácidos (BºAT1)
Imagem obtida de uma simulação de 10 microssegundos
da enzima Norcoclaurine Synthase que reproduz interações
de 2000 átomos em ambiente líquido como o do corpo humano